Choroby rzadkie to choroby, na które cierpi mały odsetek całej populacji. Rzadkość choroby wiąże się także z określonymi problemami zdrowotnymi. W Europie choroba jest klasyfikowana jako rzadka, jeżeli cierpi na nią nie więcej niż 5 na 10.000 osób. Dana choroba może być chorobą rzadką w jednym regionie, ale powszechną w innym. Istnieje także wiele chorób powszechnych, których warianty są rzadkie.
Istnieją tysiące chorób rzadkich. Na chwilę obecną zidentyfikowana od sześciu do siedmiu tysięcy chorób rzadkich i nowe choroby są regularnie opisywane w literaturze medycznej.
Niemal wszystkie choroby genetyczne są chorobami rzadkimi, ale nie wszystkie choroby rzadkie są chorobami genetycznymi. Istnieją także, na przykład, bardzo rzadkie formy chorób zakaźnych, choroby autoimmunologiczne i rzadkie nowotwory. Na chwilę obecną przyczyny wielu chorób rzadkich nie są znane. Choroby rzadkie są schorzeniami poważnymi, często przewlekłymi i postępującymi. W przypadku wielu chorób rzadkich ich objawy można zaobserwować przy urodzeniu lub w dzieciństwie. Niemniej jednak 50% chorób rzadkich jest diagnozowanych u osób dorosłych.